Орган управљања у школи је Школски одбор. Школски одбор ОМШ.“Стеван Мокрањац“ Зајечар има 9 чланова који чине три представника запослених, три представника родитеља и три представника јединице локалне самоуправе општине Зајечар. Чланове органа управљања из реда запослених предлаже наставничко веће, а из реда родитеља – савет родитеља. Прeдсeдникa бирajу члaнoви вeћинoм глaсoвa oд укупнoг брoja члaнoвa.
Чланови Школског одбора:
Јелена Алексић
Санела Тошић Стојановић
Биљана Стојановић
Никола Стојковић
Милена Ћирић
Угљеша Тодоровић
Невена Првуловић
Дарко Милосављевић
Марија Милојевић