Орган управљања у школи је Школски одбор. Школски одбор ОМШ.“Стеван Мокрањац“ Зајечар има 9 чланова који чине три представника запослених, три представника родитеља и три представника јединице локалне самоуправе општине Зајечар. Чланове органа управљања из реда запослених предлаже наставничко веће, а из реда родитеља – савет родитеља. Прeдсeдникa бирajу члaнoви вeћинoм глaсoвa oд укупнoг брoja члaнoвa.
- Јелена Алексић
- Сузана Јовановић
- Марија Остојић
- Жељко Раденковић
- Милена Ћирић
- Ана Величковић
- Владимир Ђуричић
- Дарко Милосављевић
- Марија Милојевић