Орган управљања у школи је Школски одбор. Школски одбор ОМШ.“Стеван Мокрањац“ Зајечар има 9 чланова који чине три представника запослених, три представника родитеља и три представника јединице локалне самоуправе општине Зајечар. Чланове органа управљања из реда запослених предлаже наставничко веће, а из реда родитеља – савет родитеља. Прeдсeдникa бирajу члaнoви вeћинoм глaсoвa oд укупнoг брoja члaнoвa.
- Данило Губеринић, економиста
- Владимир Ђуричић, дипл.економиста
- Марија Милојевић, мастер економиста
- Дарко Милосављевић, проф.физичког васпитања
- Ненад Пашалић, доктор ветеринарске медицине